Estructura de la comunidad bacteriana del exocarpo del fruto de Physalis peruviana L. y la presencia de patógenos con posibles implicaciones en la inocuidad alimentaria.

Abstract

La uchuva o aguaymanto (Physalis peruviana L.) es un cultivo ampliamente consumido en Ecuador, cuyos frutos son abundantes en moléculas bioactivas. Su rápido deterioro poscosecha y los problemas de inocuidad limitan su potencial de mercado. Para obtener datos de referencia sobre la prevalencia de taxones bacterianos entre grupos, empleamos la secuenciación de amplicones del gen del ARN ribosomal 16S (16S rRNA) para detectar cambios en la estructura de la comunidad bacteriana en frutos de uchuva cosechados de un sistema de producción orgánica (#270 muestras × dos estados de madurez) y frutos obtenidos de un mercado al aire libre (#270). Este es el primer informe sobre los taxones bacterianos que habitan en frutos de uchuva. El índice de diversidad de Shannon reveló que los frutos comprados en el mercado y los de estado inmaduro presentaron el mayor nivel de diversidad bacteriana (índices promedio de Shannon de 3,3 y 3,1), seguidos por aquellos recolectados en campo en estado de madurez completa (2,07). El análisis de diversidad alfa indicó que no hubo diferencias significativas en el número de taxones ni en la equidad dentro de las muestras, mientras que sí hubo una diferencia significativa en la diversidad beta entre los grupos. Rhizobiaceae fue la familia más abundante en frutos provenientes del campo, independientemente del estado de madurez, mientras que Acetobacteraceae, Pseudomonadaceae, Fusobacteriaceae, Bacteroidaceae y Erwiniaceae fueron las familias más abundantes en el grupo del mercado. A nivel de género, Liberibacter fue el fitopatógeno más abundante en frutos provenientes del campo, mientras que Gluconobacter fue el más abundante en las muestras recolectadas en el mercado. El fitopatógeno Candidatus Liberibacter fue el más abundante en muestras del campo, mientras que los frutos adquiridos en el mercado contenían patógenos entéricos oportunistas como Escherichia vulneris, Klebsiella pneumoniae y K. variicola, cuya abundancia relativa varió según la muestra. Además, se encontraron patógenos potenciales de origen animal como Fusobacterium necrophorum, Porphyromonas levii, Helcococcus ovis y Trueperella pyogenes en casi todas las muestras, con abundancias relativas variables. Nuestro estudio proporciona información básica sobre el microbioma de la uchuva desde los campos agrícolas hasta la mesa, junto con la detección de varios microorganismos patógenos con posible impacto en la inocuidad alimentaria y la salud pública; por lo tanto, es imprescindible implementar estrategias para reducir la contaminación bacteriana tanto en las fincas como en los mercados minoristas.