Caracterización genómica de una cepa multirresistente de Escherichia coli, L1PEag1, aislada de frutos comerciales de grosella del cabo (Physalis peruviana L.)

Abstract

La secuencia genómica completa del aislado L1PEag1 se ensambló en un cromosoma circular de 4825,722 Kbp y un plásmido de 3,561 Kbp. El aislado L1PEag1 pertenece al filogrupo B2, al tipo de secuencia ST1170 y al serotipo O1:H4 basados en análisis genómico in silico. El genoma contiene 4.473 genes, 88 ARNt, 8 ARNr 5S, 7 ARNrRN16S y 7 ARNrRNō 23S. El contenido medio de GC es del 50,58%. La anotación específica consistió en 4.439 y 3.723 genes anotados con KEEG y COG respectivamente, 3 regiones profógicas intactas, 23 islas genómicas (IG) y 4 secuencias de inserción (ISs) de las familias ISAs1 e IS630. El aislado L1PEag1 lleva 25 genes de virulencia, y 4 regiones de genes de resistencia estricta a antibióticos (ARG) y 51 de genes resistentes a antibióticos (ARG) basados en la anotación de VirulenceFinder y el RGI. Además, el perfil antibiótico in vitro indicó resistencia a la kanamicina (K30), azitromicina (AZM15), clindamicina (DA2), novobiocina (NV30), amikacina (AMK30) y otros antibióticos. El aislado L1PEag1 fue predicho como un patógeno humano, coincidiendo con 464 familias de proteínas (probabilidad de 0,934).