El micobioma fúngico de frutos maduros de fresa (variedad Fragaria x ananassa 'Monterey') sugiere una posible contaminación en el mercado con levaduras dañinas

Abstract

Se utilizó un enfoque metagenómico amplicón basado en la región ITS2 del ADN fúngico para investigar la diversidad de hongos asociados a fresas maduras recogidas en un huerto volcánico y en puestos de mercado al aire libre. Según la prueba de Kruskal–Wallis, no se observaron diferencias estadísticamente significativas tanto en los índices de diversidad alfa no filogenética como en los filogenéticos. Según análisis de diversidad beta, se encontraron diferencias significativas en comunidades fúngicas entre grupos (huerto frente a mercado). La asignación taxonómica de variables de secuencia amplicones (ASVs) reveló 7 filos y 31 clases. Los filos fúngicos predominantes fueron Basidiomycota (29,59–84,58%), Ascomycota (15,33–70,40%) y Fungi-phy-Insertae-sedis (0,45–2,89%). Las clases más predominantes entre los grupos eran los sacaromicetos en el grupo de mercado, y los microbotriomicetos y tremelomicetos en el grupo del huerto. A partir del análisis de la composición del microbioma (ANCOM), encontramos que los géneros fúngicos más diferenciados eran Hanseniaspora, Kurtzmaniella y Phyllozyma. Las levaduras endófitas Curvibasidium cygneicollum eran prevalentes en ambos grupos, mientras que Candida railenensis se detectó en frutos originarios únicamente del mercado. Además, se detectaron Rhodotorula graminis (abundancia relativa que varía entre el 1,7% y el 21,18%) y Papiliotrema flavescens (abundancia relativa que varía entre 1,58% y 16,55%) en todas las muestras, independientemente del origen, mientras que Debaryomyces prosopidis se detectó solo en muestras del mercado, variando su abundancia relativa según la muestra (del 0,80% al 19,23%). Su papel en la calidad y seguridad de la fruta aún no ha sido documentado. Además, varias levaduras clínicamente relacionadas, como Meyerozyma guilliermondii y Candida parapsilosis, se detectaron únicamente en muestras del mercado. Comprender la variedad y composición del micobioma en los frutos maduros durante la transición del huerto al mercado es crucial para la seguridad tras la cosecha.